一、突发公共卫生事件
2009年，卫生部共收到全国（未含港澳台）31个省（自治区、直辖市）通过突发公共卫生事件报告管理信息系统报告的突发公共卫生事件2448起，报告病例238946例，死亡1004人。
2009年，我国内地无特别重大突发公共卫生事件报告；共报告重大事件11起，报告病例120945例，死亡657人；共报告较大事件203起，报告病例19677例，死亡267人；共报告一般事件2234起，报告病例98324例，死亡80人。
2009年，我国内地报告事件数较2008年同期上升8.85%，病例数上升64.98%，死亡数上升140.19%（甲型H1N1流感作为2009年新发现的传染病，在全球及我国广泛流行，对突发公共卫生事件的总体水平产生较大影响，如去除甲型H1N1流感，与2008年相比，2009年报告事件数上升8.80%，病例数下降18.22%，死亡数下降14.83%）。报告事件数的上升主要与季节性流感报告事件数增加有关；报告病例数和死亡数上升主要与甲型H1N1流感有关。
专家分析认为，目前我国内地全人群对甲型H1N1流感免疫保护水平有限，有效免疫保护屏障尚未形成，预计在2010年，病毒仍将继续传播，局部地区出现暴发疫情的风险仍然存在。随着2010年春运和春节的到来，人群聚集活动增加等因素将导致人群感染甲型H1N1流感的风险加大。除甲型H1N1流感外，2010年全国其它突发公共卫生事件发生水平将继续维持在近几年的平均水平；突发公共卫生事件类别仍将以传染病事件为主，其次为食物中毒事件；学校尤其是农村中小学校，仍将是突发公共卫生事件的高发场所。
卫生部要求各地认真做好突发公共卫生事件应急准备和处置工作，加强联防联控，强化监测预警，进一步提升突发公共卫生事件早发现、早报告、早诊断和早处置的水平，有效降低事件危害，保障人民群众身体健康和生命安全，最大限度减轻疫情对社会经济的影响，最大程度降低疫情对人民群众身体健康的危害。其中，重点要做好以下几方面工作，一是进一步加强甲型H1N1流感疫情监测与信息报送，及时研判疫情态势，科学部署防控工作，采取各项有效措施，做好疫情防控工作；二是继续做好鼠疫、不明原因肺炎、人感染高致病性禽流感等突发急性传染病的监测、分析、报告与应急处置工作；三是加强中小学校及幼托机构的手足口病、水痘、流行性腮腺炎、流行性感冒、急性出血性结膜炎及病毒性腹泻等易于暴发、流行的传染病的预防控制和调查处置工作，防止疫情的发生和蔓延；四是做好食物中毒及职业中毒等中毒类事件的防范和应对工作；五是强化突发公共卫生事件的应对知识宣传普及，增强突发公共卫生事件的危机意识和防范意识，提升社会公众自救和互助等卫生应急能力。
专家建议，公众在日常生产生活中要培养良好的卫生习惯，包括注意环境卫生、食品卫生和饮水卫生，勤通风，勤洗手，吃熟食，勤锻炼等，科学规避突发公共卫生事件，一旦发现突发公共卫生事件苗头，及时向有关部门报告。
二、重大食品安全事故
2009年，卫生部未收到重大食品安全事故报告。
三、药品和医疗器械突发性群体不良事件
2009年，食品药品监管局共收到4起药品突发公共事件报告，报告病例38人，死亡5人。与2008年相比，药品事件报告数下降了50%，病例数下降64%。
